Znamiona barwnikowe dysplastyczne ze względu na istotne ryzyko rozwoju czerniaka należy usuwać chirurgicznie, z marginesem kilku milimetrów i z pełną grubością skóry. Podkreśla się dziś, że nie ma medycznego uzasadnienia dla profilaktycznego wycinania zmian niepodejrzanych, nadal za uzasadnione uznaje się jednak wycinanie zmian niepokojących pacjenta.

Inne nabyte znamiona barwnikowe mogą być usuwane ze wskazań kosmetycznych (głównie na twarzy) lub funkcjonalnych (drażnienie odzieżą, położenie w miejscach zgięciowych), a zabiegi te należą do najczęściej wykonywanych. Ponieważ ryzyko zezłośliwienia jest w tej grupie minimalne (tylko nieznacznie większe niż w obrębie całej skóry), należy podczas ich usuwania mieć na względzie efekty kosmetyczne. Klasyczne postępowanie preferowane przez chirurgów polega na wycięciu wrzecionowatym skierowanym wzdłuż tzw. linii Langera, z marginesem około 1 mm i z pełną grubością skóry, a następnie na zeszyciu ubytku. Postępowanie takie jest konieczne, jeśli znamiona położone są głębiej, np. znamiona błękitne czy owłosione (głęboko położone mieszki włosowe mogące zawierać melanocyty). Jeśli natomiast znamiona są zlokalizowane powierzchownie (do warstwy brodawkowatej skóry właściwej), można brać pod uwagę ich usunięcie styczne, bez pełnej grubości skóry, często także z uzupełniającą elektrodesykacją dna ubytku, z wygojeniem wtórnym przez naskórkowanie. Postępowanie takie umożliwia uzyskanie estetycznej, płaskiej blizny. Trzeba jednak zdawać sobie sprawę z ryzyka niepełnego usunięcia znamienia (utrzymywanie się pigmentacji lub jej odnowienie w późniejszym okresie), co zdarza się w około 10% przypadków. Poza tym odnawiające się znamię może histologicznie sprawiać trudności w różnicowaniu z czerniakiem. W obrazie histologicznym stwierdza się wówczas bliznowate zwłóknienie w powierzchownych warstwach skóry właściwej, obecność melanocytów (pojedynczych lub w gniazdach, często pagetoidalnych) oraz pigmentu w warstwie połączenia skórno-naskórkowego, a także (choć nie zawsze) gniazda komórek znamionowych w głębszych warstwach skóry właściwej. Całość obrazu może nasuwać podejrzenie czerniaka (pseudomelanoma), ale w przeciwieństwie do melanoma melanocyty koncentrują się tylko ponad obszarem blizny. W razie odrostu znamienia niektórzy autorzy sugerują ponowną powierzchniową ablację przez wymrożenie lub ponowne ścięcie styczne, lub wycięcie wraz z pełną grubością skóry i badaniem histologicznym, przy czym na skierowaniu do badania histopatologicznego trzeba bezwzględnie zamieścić informacje o poprzednim zabiegu. Przedmiotem kontrowersji pozostaje także laserowe usuwanie znamion barwnikowych. Uważa się tradycyjnie, że drażnienie tkanki melanocytarnej może doprowadzić do jej zezłośliwienia, dlatego ablacja laserowa nie jest powszechnie akceptowana. W nowszych doniesieniach można jednak spotkać zalecenia usuwania płaskich nabytych znamion typu brzeżnego laserami działającymi na zasadzie selektywnej fototermolizy, czyli bez znacznych uszkodzeń termicznych, np. laserem rubinowym.